Sur ordre des Allemands, le curé de Meigem, Van Zandijcke, dut informer les prisonniers du haut de la chaire que des civils armés d'une mitrailleuse avaient ouvert le feu sur un camion allemand à deux cents mètres de l'église.
Quelques minutes plus tard, une violente explosion retentit dans l'édifice.
L'explosion fit 27 morts et d'innombrables blessés graves. À ce jour, la controverse persiste quant aux circonstances exactes de l'explosion. Les Allemands affirmèrent qu'un obus belge était impliqué. Des enquêtes menées ultérieurement par l'armée belge confirmèrent cette thèse.
Des spécialistes de l'École royale militaire retrouvèrent par la suite des éclats d'un obus belge de 75 mm dans les décombres.
Or, lorsque les civils furent conduits dans l'église, un trou y avait déjà été percé par un obus. Les éclats examinés provenaient-ils de cet obus ? La plupart des témoins présents affirmèrent par la suite que des soldats allemands avaient lancé des obus ou d'autres projectiles dans l'église depuis le chœur.

Eglise de Meigem
Parmi les 27 morts, on compte 6 habitants de Meigem : Evarist et Rachel Geurs, René, Maria et Jules Bijtebier, et Achiel Hebbelinck.
De Deinze : Emiel Van Hoe et fils, Astère, Basiel, Christiaan et Germaine Bouvijn, Léontine Lampaert et Maria Leyseele.
De Petegem : Modest et Brigitta Moreels, Emiel Van Daele et Evarist Spiessens.
De Vinkt : Frans De Vlieger, Cyrilla D'Hondt et Maria Wullaert.
De Zeveren : Georges Van Hoe et Joannes D'Hondt, Alfons Schoeters (Putte), Sylvain Hebbelinck (Semmerzake), Oscar Van Der Beken (Merelbeke) et Joseph Van Den Berghe (Gand).
Les Allemands accusent les frères De Vreese, Marcel De Witte et Emiel Ijsebaart, tous deux blessés lors de l'explosion dans l'église, d'avoir tiré sur des soldats allemands.
Ils sont conduits jusqu'au canal et abattus là-bas.
Miraculeusement, Emiel Ijsebaart survit à l’exécution.
Après l'explosion dans l'église, les Allemands font traverser le pont de fortune aux personnes encore valides en direction de Sint-Martens-Leerne. Là, ils s'arrêtent à la ferme Schollier : une centaine d'hommes sont contraints de s'aligner en rang serré tandis que des soldats installent des mitrailleuses. Pendant un long moment, on leur fait croire qu'une exécution de masse est en préparation. Finalement, il s'avère qu'il s'agit simplement d'une tentative d'intimidation. Les Allemands enferment ensuite tout le groupe dans l'église de Sint-Martens-Leerne.
8 h : les corps sans vie de César et André De Wulf, habitants de Meigem, sont découverts sur le Heerdweg à Vinkt. Tous deux ont été abattus par les Allemands alors qu'ils auraient recouvré leur liberté et rentraient chez eux à pied en traversant les champs.
Ce n'est que le mardi 28 mai, jour de la capitulation, que les personnes emprisonnées dans l'église de Sint-Martens-Leerne furent libérées.